python使用nibabel和sitk讀取保存nii.gz文件實例

nii.gz格式是醫學圖像常用的壓縮格式，python中可用nibabel和sitk來讀取保存。

使用nibabel

由于使用nibabel圖像會旋轉90度，所以讀取保存的時候還得保存映射信息，3維圖像格式為（z, y, x）

讀取nii.gz文件

img = nib.load(’xxxxx.nii.gz’)img_affine = img.affineimg = img.get_data()

保存nii.gz文件

nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename(’xxxxx.nii.gz’)

使用sitk

使用sitk讀取nii時，讀取出來的還是圖片格式，可以使用他自帶的函數進行處理，不過速度比較慢，建議使用GetArrayFromImage轉換成numpy格式再處理，3維圖像格式為（x, y, z）

讀取nii.gz文件

img = sitk.ReadImage(’xxxxx.nii.gz’)

img = sitk.GetArrayFromImage(img)

保存nii.gz文件

out = sitk.GetImageFromArray(img)

sitk.WriteImage(out,’xxxxx.nii.gz’)

在numpy數組和nibabel或sitk中相互轉換時，要注意數據的格式，一般保存為int或uint類型。比如輸入nii為16位有符號整型時，我們可能需要轉換成0~255灰度圖，可用如下代碼：

img = sitk.ReadImage(’xxxxx.nii.gz’)img = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img),sitk.sitkUInt8)img = sitk.GetArrayFromImage(img)

補充知識：SimpleITK保存Nii文件與錯誤處理方式

Reason:

把處理好的分割結果保存為nii文件，用ITKsnap讀取時出現了如下錯誤。

SimpleITK讀取和保存Nii文件

1. 讀取

import SimpleITK as sitkfilename = ’./xxx.nii’ct = sitk.ReadImage(filename)ct_array = sitk.GetArrayFromImage(ct)origin =ct.GetOrigin()direction = ct.GetDirection()space = ct.GetSpacing()

2. 保存

savedImg = sitk.GetImageFromArray(ct_array)savedImg.SetOrigin(origin)savedImg.SetDirection(direction)savedImg.SetSpacing(space)sitk.WriteImage(savedImg, saved_name)

Note：被保存的ct_array數組一定是ndarray，float類型的才能被ITKsnap正確讀取，如果是int類型的，就會出現上圖中的錯誤。

以上這篇python使用nibabel和sitk讀取保存nii.gz文件實例就是小編分享給大家的全部內容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持好吧啦網。